Marvel Puzzle Quest: Dark Reign se basa en una temática nada nueva, pero que sigue enganchando a mucha gente: Los juegos de «conecta 3». La diferencia con otros juegos es que, en esta ocasión, tendremos que controlar a diferentes personajes del universo Marvel para luchar contra los malos.

Para ello, en cada partida tendremos que hcer combinaciones de 3 o más fichas, haciendo que cada una de ellas nos permita usar el ataque de uno de los personajes que controlemos.