Hay varios programas para poder convertir vídeos al formato del iPhone/iPod Touch, algunos gratuitos y otros de pago, tanto para PC como para Mac y Linux, así que aquí os dejo los que yo uso en ambas plataformas.
No significa que sean los mejores, pero a mi me van bien.
Videora iPhone Converter – Windows
Aplicación gratuita para Windows. La podéis descargar desde aquí.
iSquint – Mac
Aplicación gratuita para Mac. La podéis descargar desde aquí.
Tutorial para Linux
Para poder convertir vídeos y subirlos al iPhone, lo mejor es que os mireis este tutorial de Magarto dónde explica como hacerlo.